Как сделать превращение?

Если у двух разных героев есть способность с одинаковым id то они не будут работать

С чего ты это взял?
Если в игре два Охотника на демонов - то оба они смогут использовать перевоплощение.

Под id, наверное, понимаешь равкод, либо приказ? Почему у разных героев не будут работать способности с одинаковым id?

Хотя ладно, на основе руны морф при нажатии Канала подойдёт?

Немного не то, но можно сделать на основе разных превращений - от друида-медведя, друида-ворона, вроде еще статуя горгульи и т. д. - несколько разных перевоплощений у одного героя и они будут вместе работать (т. е. не запускать перезарядку друг друга)
но если их много и применять в смешанной последовательности, то исходная форма юнита может "потеряться" и/или они "спутаться", ну как смутно помню

Руками, все сводится к подсовыванию тех или иных способностей морфов, ибо в jass нет таких функций которые бы могли превращать из одного юнита в другого, наследуя параметры оригинала, вроде дебаффов и приказов. Если у вас 100500 разных героев, то для каждого из них нужно по отдельной способности превращения, для прямого и обратного превращения. Ну и вручать их в нужной последовательности в зависимости от текущей формы. Это в пару кликов не делается, никак.