1. С помощью любого редактора MDX/MDL. Лучшие из них - W3ME и MdlVis. Их можно скачать в разделе "Утилиты": http://xgm.guru/files.php?fc=1
Желательно также почитать инструкцию к выбранному редактору. Там выделяются вершины, соответствующие свечению (квадраты у ног героя и возле его оружия) и удаляются.
2. Это делается с помощью материалов и текстур. Предварительно необходимо сделать прозрачными участки текстуры, где тебе нужны пятна цвета команды. Сделать это можно только в Photoshop'е. Текстура экспортируется из MPQ, конвертируется в TGA, изменяется в Photoshop.
А вообще, на эти темы есть многочисленные статьи, посвящённые моделированию: http://xgm.guru/articles.php?section=wc3
См. раздел 4 (Моделлинг). Там, например, есть статья NETRAT'а - "Корректно убираем свечение героя" (http://xgm.guru/articles.php?section=wc3&name=removing_hero_glow). Есть руководства по созданию моделей/спецэффектов, инструкции к редакторам и т.д. Определённо стоит прочесть.