Можно ли воспроизвести улучшение для отдельного юнита, а не для всех юнитов такого типа? (Я имею ввиду, если на карте к примеру 5 пехотинцев, мне нужно установить текущий уровень исследований "Железные мечи" только одному из них, а не всем, включая последующих)

Нет, да и не нужно это. Есть системы атаки для таких целей.

Добавлением способности на увеличение атаки, так же можно добавив руну которая увеличивает урон.
Для руны потребуется добавить пехотинцу способность - Предметы (герой), дать руну и тут же удалить способность - Предметы (герой)