Функция ReplaceUnitBJ (ту, которую ты юзаешь для замены) создаёт нового юнита заместо старого, а старого удаляет. Параметр замены влияет только на то какой уровень здоровья и маны будет у нового юнита. Поэтому у нового юнита не будет перезарядки/текущего приказа и т.д. как у старого. Ибо это совершенно новый юнит. Стандартными методами на патче 1.26 твою проблему не решить без велосипеда с морфой. В твоём случае посоветовал бы не париться и подойди к проблеме с другой стороны, типо обновление всех кд, это не баг, а фича.

Но если всё же хочешь запариться на старом патче, то нужно написать систему с велосипедом на перманентное перевоплощение через морфу. Даёшь нужную морфу триггерно и заставляешь юнита её применить, тогда он сменит тип с сохранением всех плюшек. Но множественные морфы это ни разу не удобно. Но пример тебе ниже дал.

П.с. событие триггера поменяй с "Начинает применять способность" на "Приводит в способность в действие", иначе можно будет абузить через отмену приказа без кд