Ничего с миникартой не сделать. Она так и будет. В Water War - Submerged просто поверхость и подводная часть практически одинаковы (где нельзя пройти на поверхности нельзя проплыть и под водой) и используется одна миникарта на 2-е "локации". Вот только похоже там перерисовывали карту. Там было верняя часть карты и нижняя. Вырезали верхнюю и в графическом редакторе поместили ее ровно по центру, а низ и верх зарисовали черным. А при применении camera bounds она ставится по центру, на ту часть, которую нарисовали по центру. Не знаю, понятно объяснил или нет.

Я и сам понял что корявенько. Понятней было бы пример карты сделать, но это не на 1 минуту работы. Главное что ты понял.
А насчет альтернативных вариантов, было бы интересно узнать, но их наверное нету (смотря какой жанр карты).