В данной модификации автор не учитывает событий, происшедших в Half-Life 2: Episode 1.
После взрыва цитадели G-man погружает Гордона Фримена в стазис, но через некоторое время выводит его от-туда для нового задания. Цель этой миссии - проникнуть в цитадель, которая находится в City 18 (город, расположенный недалеко от City 17) и телепортироваться в мир Combine, для того чтобы уничтожить главного представителя этой расы.