Действие игры «S.T.A.L.K.E.R.: Чистое Небо» переносит игроков за год до событий оригинальной игры S.T.A.L.K.E.R. в 2011 год.

Группа сталкеров впервые подобралась к самому сердцу Зоны - Чернобыльской АЭС, спровоцировав катаклизм, который едва не привел к катастрофе. Грандиозный Выброс аномальной энергии изменяет Зону. Проверенных и относительно безопасных дорог больше нет. Целые уровни пропадают в сполохах аномалий. Сталкеры и даже экспедиции гибнут или оказываются запертыми на пропавших территориях. Новые территории, о которых ничего не было известно со времени появления Зоны, появляются на карте Зоны. Зону продолжают сотрясать выбросы. Зона нестабильна. Аномальная активность максимальна.

Изменения известной сталкерам карты Зоны нарушает хрупкий баланс сил в Зоне. Между группировками разгорается вражда за новые территории, поля артефактов и сферы влияния. Больше нет старых врагов или друзей – теперь каждый сам за себя. Между фракциями началась Война Группировок.

Главный герой – наемник, волей судьбы оказавшийся на самом острие противостояния между фракциями сталкеров, Стрелком и даже самой Зоной. Главному герою предстоит сыграть основную роль в событиях, которые привели историю Зоны к той точке, с которой начинается оригинальная игра S.T.A.L.K.E.R.

Что ждет сталкеров в открывшихся глубинах Зоны? Какие новые опасности таятся на новых территориях? Почему выбросы сотрясают Зону? Почему изменилась Зона? Как устранить ее нестабильность? Какая фракция одержит верх в противостоянии группировок? Почему Стрелок попал в грузовик смерти? Что произошло со Стрелком до этого? Был ли другой выбор? На эти и многие другие вопросы Вы найдете ответ в официальном приквеле «S.T.A.L.K.E.R.: Чистое Небо».

Чистое небо
Групировка считающая своей целью обеденение традиционной науки и чудес Зоны.
Долг
Военизированная группа сталкеров, считающие своим долгом освобождение Земли от Зоны.Долг это то немногое что осталось от войск посланых в Зону сразу после взрыва. Часто устраивают рейды по уничтожению мутантов.
Свобода
групировка анархистов и сорвиголов, основные противники группировки Долг, считают что Зона — это свободное для всех место, где не действуют законы остального мира.
Монолит
Религиозная группировка сталкеров, поклоняются Монолиту - эволюционному кристаллу, который, если верить легендам, способен исполнять желания. Примечательно, что в приквеле у них другой герб.
Группировка не пропускают в центр Зоны других сталкеров, объясняя это плохими намерениями последних в отношении Монолита.
Наемники
Малоизвестная группировка,имеющая базу где-то на большой земле, известно лишь то, что они выполняют самые разнообразные задания, и берут за них большую плату, но зато отличаются очень высоким профессионализмом. Так же, как и у группировки Монолит изменен герб.
Бандиты
Мародеры, убийцы, разбойники, пришедшие в зону с целью наживы, или чтобы скрыться от правосудия.
Сталкеры одиночки
Одиночки-сталкеры, по каким-либо причинам не присоединившиеся к другим группировкам.Когда надо сбиваются в отряды по 3-6 человек.Среди них встречаются как зелёные новички. так и опытные сталкеры.