Вот беру модельку, открываю её в мдлвизе (1.40), меняю текстуру на другую, а в ней те части, что должны быть прозрачными становятся чёрными!
тоже самое, но другими словами:
Редактирую модельку, но хочу туда вместо пламени (имеет прозрачные части), вставить молнию textures\lightningball.blp и на ней все участки, что должны быть прозрачными и полупрозрачными становятся чёрными

что за фигня и как с ней бороться, подскажите, пожалуйста

Свойство поверхности. Сохрани модель как mdl и открой в блокноте.
Меняй у каждой поверхности(или добавляй, если там вообще нет свойств) свойство на Modulate2X или Blend. В Warcraft III Model Editor`у это быстрее и наглядней.