Во общем есть модель (немного кривой конверт из доты 2). При попытке пересвязать вершины с какой либо костью - мдлвис вылетает без каких либо следов существования (вообще ничего).

Может кто сталкивался с таким, может чем помочь?

Ancient, да, такое бывает, сам сталкивался. Такая ошибка возникает как раз у многополигональных моделей, с теми костями, на которых много навешано.

Мой совет:
привяжите к нужной кости новую, (внимание - модель может вылететь), а уже к ней - нужные вершины. Мне помогало.

Рекомендую версию 1.39, там вроде бы меньше ошибок.