На самом деле защитить игру можно на любой стадии разработки. Но тратить на это усилия не нужно в начале пути. Это точно.
Вопрос монетизации в Инди играх, а именно таковой игра будет у тебя в любом случае, ставится как раз таки в конце пути.
Даже такие платформы как стим рекомендуют решать вопрос о "стимизации" несколько после разработки основной части кода и контента.

MF добавил:
Способов же есть уйма. От ключика и онлайн активации, до онлайн контента. В любом случае, чем проще в реализации защита, тем проще это будет похакать.

самое грамотное что может быть это онлайн авторизация и более того, держать часть кода только на удалённом сервере, так делают самую топовую защиту на играх, про онлайн сервисы и донат уже писалось выше, такие игры неломаемы по определению, например ВОТ или ВОВ никогда не будут иметь достойную пиратскую альтернативу.

интернеты у всех есть, так что лучше если будет не генератор ключа и проверка оного на машине пользователя, а отправка ключа на удалённый сервер и получения ответа, который требуется для запуска, но на машине пользователя не сохраняется.

но при желании всё равно сломают.

DioD,
добавлю что можно не код держать на сервере, а контент. Например все параметры юнитов (если речь идет о стратегии). Кстати патчить в таком случае куда проще.

Только близзарду могут простить необходимость онлайн авторизации для оффлайн игр.
Инди разработчикам такого ни один игрок не простит.

Тролль, зависит от реалий игры. Майнкрафт по сути требует онлайн-регистрацию.