Скажите, пожалуйста, вот в текстовом документе common.j (из архива War3Patch.mpq\Scripts) написаны только типы входных и выходных данных для каждой native-функции. Но есть ли где-нибудь справочник, где было бы на русском языке подробно расписано, что делает та или иная native-функция?

Я ещё могу догадаться, что native-функция Sin, о которой в common.j написано:
native Sin takes real radians returns real
берёт на входе вещественное число, а на выходе возвращает синус от этого числа (в радианах), так же в вещественным числом.
Но как понимать, например, такое:
native IssueImmediateOrder takes unit whichUnit, string order returns Boolean ?...

true — если приказ прошёл и юнит начал его исполнять.
false — если приказ не прошёл по какой-либо причине.
Дальше сюда.

Novikov, конвертируй из гуи и смотри.
та функция отдает приказ без цели юниту.

просто учить английский язык, все названия всех функций (вру, 96%) говорят о том, что они делают.