Создание отрядов с помощью спелла

А касательно остальной части, если UnitUserData нигде не используется, создаешь массив юнитов и отрядов. Массив юнитов забиваешь своими капитанами. В UnitUserData капитана пихаешь его порядковый номер в массиве. Создаешь группу юнитов для этого капитана.

1. Добавление через каст способности.

Я бы делал через 2 разные абилки с одной и той же позицией в интерфейсе. Пока нужный тебе юнит не является частью отряда - у него таргетная абилка при касте которой на капитана он добавляется в группу соответствующего капитана и получает 2ю абилку взамен первой.
Касательно выделения этих пехотинцев - можно намутить что-то с передачей контроля или создать триггер, который будет снимать выделение с юнитов у которых есть 2я абилка. Если ты хочешь чтобы по одиночке можно было выделять пехотинцев - можешь создать переменную для каждого игрока с капитанами, куда будет просто записываться последний выбранный юнит. При снятии выделения - проверять не выбран ли этот же юнит, в случае чего не снимать выделение. Правда не уверен будет ли корректно работать :> В крайнем случае - будет работать в три клика вместо двух. Если я не ошибаюсь.
Касательно поведения этих пехотинцев - что-то реально стоящее сделать сложно. Возможно, но мне не с руки все расписывать :> Простейший вариант - приказывать пехотинцам после добавления в группу следовать за капитаном.

2. Добавление через атаку капитана

Триггер, проверяющий что капитан получил урон или атакован, как угодно. Далее любым способом проверяешь есть ли в группе этого капитана юниты. Если нет - выбираешь всех пехотинцев N радиусе, добавляешь в отряд, заменяешь абилку/либо просто приказываешь кастануть в капитана первую абилку.